از بخش های مهم و حائز اهمیت آزمایشگاه، بخش میکروب شناسی است.
بخش میکروب شناسی به بررسی نمونه های ادرار، خون ، مایعات مختلف موجود در بدن و … با استفاده از بررسی میکروسکوپی ، کشت واقع شده و تستهای دقیق آنتی بیوگرام می پردازد.
نتایج آنتی بیوگرام توسط سیستمی بنام آنتی بیوگراف محاسبه می شود و گزارش آن تهیه می شود.